有机污染物的环境行为及效应（活性）都是由其分子结构决定的。为了研究有机物的结构与活性之间的内在关系，就需要掌握如何获得有机物的结构参数，以及如何寻求它与活性之间的关系。
本课程主要讲授建模方法在环境科学领域的应用，即采用数理统计方法、化学图形处理软件、分子轨道计算等研究有机污染物的微观结构与其转化行为、生物活性等宏观性质之间的关系，实现微观结构的可视化，从物质的分子微观结构解释其宏观性质，实现采用微观结构描述符对化合物活性进行定量描述的目的。
通过本课程的学习，使环境科学与工程专业的研究生掌握建模方法的基本原理、分子结构描述符的获取途径、基本的数理统计学方法及其原理，能够熟练运用ChemOffice、Gaussian、GaussView、SPSS等相关程序获取分子结构参数、构建和评价QSAR模型，掌握赝坐标法计算反应过渡态和活化能的基本方法，以研究有机污染物的宏观性质与微观分子结构之间的内在关系，从而为环境科学领域的研究提供一种便捷的工具。通过QSAR研究可以从微观层面解释实验现象，还可以总结出实验中一些性质和现象的规律，进而对环境科学领域的实验研究起到指导作用，并启发环境学科的学生突破传统的实验研究思维，将实验现象与理论研究有机结合，培养科学创新能力。其中，讲授的化学图形处理及分子轨道计算方法能弥补非化学专业的学生在理论化学知识上的不足。同时，本课程也适用于环境科学专业本科生的学习，可以帮助掌握数理统计的基础知识和SPSS建模方法。
本课程亮点鲜明，系统地教授了分子轨道计算和SPSS建模的方法，通过应用示例帮助理解QSAR研究的方法和作用；化繁为简，总结了复杂的过渡态理论计算的简明步骤，方便初学者快速掌握计算技巧；科学直观，通过Gaussian和GaussView软件将微观分子可视化，打破传统的概念化和抽象化教学，更能激发学生的学习热情。
01 绪论
第1章 绪论-1-建模的意义和作用
第1章 绪论-2-QSAR研究的总体思路
第一章作业
第2章 定量结构活性相关（QSAR）的基本原理
第2章 定量结构活性相关的基本原理-1-QSAR概论
第2章 定量结构活性相关的基本原理-2-QSAR模型构建和使用准则
第2章 定量结构活性相关的基本原理-3-QSAR研究的步骤
第2章 定量结构活性相关的基本原理-4-分子结构的表征
第2章 定量结构活性相关的基本原理-5-概论经验描述符
第2章 定量结构活性相关的基本原理-6-理论计算描述
第2章 定量结构活性相关的基本原理-7-经典QSAR研究方法
第2章 定量结构活性相关的基本原理-8-典型统计分析方法
第1节 QSAR概论
第2节 QSAR模型构建和使用准则
第3节 QSAR研究的步骤
第4节 有机污染物的分子结构表征-1：分子结构的表示
第5节 有机污染物的分子结构表征-2：经验描述符
第6节 有机污染物的分子结构表征-3：理论计算描述符
第7节 QSAR常用的建模方法-1：经典QSAR研究方法
第8节 QSAR常用的建模方法-2：典型统计分析方法
请解释QSAR的定义与工作原理
请简述国际经济合作与发展组织（OECD）于2004年提出了QSAR模型构建和使用的五项原则。
请简述QSAR研究的步骤。
何谓有机污染物的分子结构表征？
辛醇-水分配系数的定义是什么？如何计算辛醇水分配系数？
什么是QSAR研究中的理论计算描述符？
辛醇-水分配系数法（logP法）中logP可以通过哪些方法获得？
典型统计分析方法有哪些方法被用来预测未知化合物活性和性质？
第3章 ChemOffice程序的使用
第3章 ChemOffice程序的使用-1-ChemOffice简介
第3章 ChemOffice程序的使用-2-ChemDraw简介
第3章 ChemOffice程序的使用-3-ChemDraw的使用
第3章ChemOffice程序的使用-4-Chem-3D的使用
第3章ChemOffice程序的使用-5-ChemFinder的功能
简答题
ChemDraw软件有哪些优点和缺点？
Chem3D的主要功能有哪些？
ChemFinder的功能是什么？
第4章 Gaussian程序的使用
第4章 Gaussian程序的使用-1-Gaussian程序简介及安装
第4章 Gaussian程序的使用-2-Gaussian计算方法和关键词
第4章 Gaussian程序的使用-3-输入文件的格式及构建
第4章 Gaussian程序的使用-4-Gaussian计算输出文件的格式
第4章 Gaussian程序的使用-5-量子化学参数的物理意义和查找
Gaussian程序具体有哪些主要功能？
Gaussian 中有几种分子力学方法？
什么是单线态？
HOMO/LUMO能量差有什么物理意义？
进行优化计算和振动分析计算的高斯输出文件中，优化计算部分包括哪些内容？
第5章 GaussView程序的使用
第5章 GaussView程序的使用-1-GaussView使用简介
第5章 GaussView程序的使用-2-分子构建与计算
GaussView的主要功能是什么？
第6章 QSAR模型的构建
第6章 QSAR模型的构建-1-回归与相关
第6章 QSAR模型的建立-2-一元线性回归方程的建立
第6章 QSAR模型的建立-3-相关系数
第6章 QSAR模型的建立-4-多元回归和逐步回归
第6章 QSAR模型的建立-5-Office Excel建模—最小二乘法
第6章 QSAR模型的建立-6-SPSS概述
第6章 QSAR模型的建立-7-SPSS入门
第6章 QSAR模型的建立-8-SPSS数据录入和数据获取
第6章 QSAR模型的建立-9-SPSS多元线性回归分析方法
Office Excel建模—最小二乘法
SPSS软件简介和使用-1：SPSS概述
SPSS软件简介和使用-2：SPSS入门
SPSS软件简介和使用-3：SPSS数据录入和数据获取
第1节：回归与相关的定义
第2节：一元线性回归方程的建立
第3节：相关系数
第4节：多元回归
第5节：逐步回归的基本原理
第7节：SPSS软件简介和使用-1：SPSS概述
SPSS软件简介和使用-4：SPSS多元线性回归分析方法
第7章 应用示例
第7章 应用示例-1-卤代苯的毒性与量化参数的QSAR研究
第7章 应用示例-2-赝坐标法计算反应过渡态和活化能
第7章 应用示例-3-前线分子轨道的图形显示和电荷密度计算
应用示例一：卤代苯的毒性与量化参数的QSAR研究
应用示例二：赝坐标法计算反应过渡态和活化能
应用示例三：前线轨道电荷密度的图形显示和计算
教授
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