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生物信息学
第13次开课
开课时间: 2025年03月01日 ~ 2025年06月30日
学时安排: 4小时每周
进行至第10周,共18周 已有 759 人参加
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spContent=如何高效选择生物数据库?如何精准获得结果?如何对某基因或蛋白质深入开展研究?想要一切迎刃而解,从试验台湿实验到生物信息干实验,从四个碱基的核苷酸到多姿多彩的蛋白质,从序列挖掘比对到系谱演化分析,从单个基因功能预测到基因组水平甄别,从微观到宏观大数据分析,一切尽在我们的在线课程。
如何高效选择生物数据库?如何精准获得结果?如何对某基因或蛋白质深入开展研究?想要一切迎刃而解,从试验台湿实验到生物信息干实验,从四个碱基的核苷酸到多姿多彩的蛋白质,从序列挖掘比对到系谱演化分析,从单个基因功能预测到基因组水平甄别,从微观到宏观大数据分析,一切尽在我们的在线课程。
—— 课程团队
课程概述

本课程在原国家级精品课程、国家级精品资源共享课《生物信息学》基础上转型升级,是一门生命科学领域和信息科学领域的应用型交叉学科。本课程2022年被湖北省教育厅遴选为“线上一流课程”。课程共分为八章,分别是生物信息学概要、生物信息学数据库、生物信息学数据库检索、系统演化分析、基因分析和基因组注释、蛋白质分析、基因组浏览器、生物信息学其他应用。通过本课程的学习,可以培养学员具有生物信息学方面的理论基础和基本技能,能够运用所掌握的生物信息学理论、方法和技术初步解决科研和实际工作中生物信息的存储、检索、分析和利用的问题。本课程不仅有理论讲授,更有大量操作视频,并辅以在线互动答疑和其他相关资料。本课程由5名教授担纲教学,多名助教辅助教学。

授课目标

1,掌握利用网络上各种相关生物数据库和分析工具以解释生命活动想象的基本理论和方法。

2,了解目前生物信息学学科的研究内容和发展方向,培养学员具有生物信息学方面的理论基础和基本技能,能够运用掌握的生物信息学理论、方法和技术初步解决科研和实际工作中生物信息的存储、检索、分析和利用的问题。

课程大纲

第一章 生物信息学概要

1.1 生物信息学发展

1.2 生物信息学基本方法和技术

1.3 生物信息学研究内容

1.4 生物信息学应用

第一章 单元作业

第一章 单元测试

第二章 生物信息学数据库

2.1 核苷酸数据库

2.2 蛋白质数据库

2.3 其他数据库及数据提交

第二章 单元作业

第二章 单元测试

第三章 生物信息学数据库检索

3.1 关键词为基础的数据库检索

3.2 序列对位排列分析原理

3.3 序列为基础的数据库检索

第三章 单元作业

第三章 单元测试

第四章 系统演化分析

4.1 多序列对位排列

4.2 系统演化分析

4.3 MEGA应用

第四章 单元作业

第四章 单元测试

第五章 基因分析和基因组注释

5.5 ENCODE

5.1 编码蛋白质基因预测

5.2 非编码RNA基因预测

5.3 基因结构分析

5.4 miRNA及靶基因预测

第五章 单元作业

第五章 单元测试

第六章 蛋白质分析

6.1 蛋白质性质和结构分析

6.2 膜蛋白分析

6.3 蛋白质翻译后修饰分析

6.4 蛋白质亚细胞定位分析

第六章 单元作业

第六章 单元测试

第七章 基因组浏览器

7.1 UCSC基因组浏览器

7.2 Ensembl基因组浏览器

7.3 代表性模式生物数据库

7.4 代表性农作物数据库

第七章 单元测试

第七章 单元作业

第八章 生物信息学其他应用

8.1 芯片表达谱及RNA-seq应用

8.2 ChIP-seq技术及应用

8.3 Galaxy应用

8.4 GEO数据库应用

8.5 CRISPR gRNA设计

8.6 Primer设计

8.7 限制性核酸内切酶切割位点分析

8.8 测序在组学中的应用

第八章 单元测试

第八章 单元作业

展开全部
预备知识

计算机、基因组学、分子遗传学

参考资料

David W Mount. Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis (Second edition). Cold Spring Harbor Laboratory. 2004.

Baxevanis A D, Ouellette B F F. Bioinformatics: A Practical Guide to the Analysis of Genes and Proteins (Third edition). New York: Wile-Interscience. 2004.

NCBI Education. https://www.ncbi.nlm.nih.gov/home/learn/

EMBL-EBI. https://www.ebi.ac.uk/

樊龙江。生物信息学。浙江大学出版社,2017

陈铭。生物信息学。科学出版社,2022。

Mayer B。组学数据生物信息学:研究方法与实验方案(导读版)。科学出版社,2013

李霞 雷健波 李亦学。生物信息学(第二版)。人民卫生出版社,2015

常见问题

如何选课?

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华中农业大学
4 位授课老师
袁猛

袁猛

教授

张建伟

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李兴旺

李兴旺

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